El materialismo filosófico otorga una gran importancia a las cuestiones que se suscitan en torno a la idea de agnosticismo (principalmente en la medida en que esta idea pone en juego la cuestión de las relaciones entre las ciencias positivas y la filosofía y la reconstruye críticamente desde sus propias coordenadas. La dificultad principal del asunto reside en la diversidad de planos a través de los cuales la idea de agnosticismo se desenvolvió o sigue desenvolviéndose y en la facilidad, dadas las intersecciones que median entre tales planos, del deslizamiento, a veces inadvertido, de unos planos hacia los otros, con las confusiones y embrollos consiguientes. El agnosticismo suele ser considerado como una forma del escepticismo. El escepticismo filosófico (es decir, no el escepticismo meramente psicológico, derivado de un temperamento dubitativo, inseguro, &c.) es la posición de quien después de examinar los argumentos en pro y en contra en torno a una cuestión disputada cree poder concluir que estos argumentos se equilibran y que, por tanto, no es posible decidirse por ninguna de las alternativas o disyuntivas propuestas: el escéptico no afirma ni niega, simplemente duda, o se abstiene de «juzgar», manteniendo su epogé. El agnosticismo es considerado según algunos como un «escepticismo especializado», es decir, referido a asuntos que tengan que ver con entidades o saberes relacionados, de algún modo, con las religiones (primarias, secundarias o terciarias). En consecuencia, el agnosticismo no es superponible con «escepticismo», porque ese término es más amplio que aquél (alguien puede ser escéptico en materia de historia de Egipto o de Roma –pirronismo histórico–, pero no ser agnóstico, aun cuando un escéptico universal que suspende todo tipo de juicio, también sería agnóstico). El escepticismo, en su acepción clásica añade aún una nota a esa «abstención del juicio»: la nota de mantenerse activo en el interés del conocimiento, el deseo de resolver la indecisión, a fin de determinarse dentro de las alternativas que se nos ofrecen, considerando que el encuentro de la «verdad» será en todo caso importante para la vida práctica. Pero en el agnosticismo esta nota general del escepticismo suele quedar desvanecida: el agnóstico no será sólo quien «suspende el juicio» sobre «materias de orden religioso», sino además quien ha perdido interés por determinarse, quien declara no interesarse o, al menos, no creer necesario para resolver su indeterminación a fin de poder vivir dignamente como ciudadano, por cuanto supone que las diferentes opciones ante las cuales el agnóstico se abstiene, carecen de interés para la vida privada y sobre todo pública.
El agnosticismo, en cuanto «escepticismo específico», podrá considerarse referido no ya sólo a seres, sino también a saberes.
(a) El agnosticismo ante seres (que se supondrán como posibles) podría llamarse «agnosticismo ontológico», y consistirá en practicar la abstención del juicio ante la cuestión de la existencia de esos seres. Así, si estos seres se conciben como «sujetos extraterrestres» (que, en cualquier caso, son entes finitos y corpóreos cuya posibilidad parece hoy reconocida) podrá abstener el juicio: «No sé si existen o si no existen». En la medida en que estos entes se consideren próximos a los démones del helenismo y, por tanto, vinculados con determinaciones religiosas, la abstención de juicio podría aquí estimarse como una caso de agnosticismo. Así, la «ecuación de Drake», que indica un modo de calcular la probabilidad de tomar contacto con extraterrestres de otras galaxias, podría considerarse próxima al agnosticismo.
Sin embargo, el «agnosticismo ante seres», o presentados como tales, encuentra su acepción por antonomasia cuando el ser ante el cual se supone que se abstiene el juicio de existencia es el Ser Supremo, Dios. El argumento central de este agnosticismo ontológico es el siguiente: «No es posible demostrar racionalmente que Dios existe; pero tampoco que no existe y, por ello, la única conclusión racional es la abstención del juicio». Pero el fallo de este argumento se encuentra en su premisa implícita: en la suposición de que ese Ser Supremo o Dios monoteísta es posible y que, por tanto, tiene sentido referirse a El como si se tratase de un sujeto cuya existencia o inexistencia tratásemos de demostrar (a la manera como se puede tratar de demostrar la existencia o inexistencia de un posible pozo de petróleo en una determinada zona geográfica. Pero lo que hay que comenzar a poner en tela de juicio es la posibilidad misma del Ser Supremo (que no puede estar situado, por cierto, en ninguna área geográfica). Supuesta esta imposibilidad, no se tratará de «demostrar la inexistencia de Dios», sino de demostrar la «inexistencia de su Idea»; por lo que el agnosticismo ontológico estará aquí fuera de lugar y sólo podrá ser reemplazado por el ateísmo.
(b) El agnosticismo ante saberes, podría ser llamado «agnosticismo epistemológico», y es la suspensión del juicio ante ciertos «saberes» o «valores» propuestos como verdades reveladas, dogmas, &c. por una secta o Iglesia, por tanto, como saberes praeterracionales, que no pueden ser «derivados de la razón», pero que tampoco podrían ser impugnados por ella. Los saberes revelados y ofrecidos por una secta o Iglesia considerados como necesarios para la «salvación» son precisamente los saberes del gnosticismo, en atención a la secta de los «gnósticos» del siglo II (Valentín, Carpócrates, Basílides...) que se consideraron a sí mismos como depositarios de un saber revelado y soteriológico (salvador). El agnóstico, en este sentido epistemológico, es quien no acepta estos saberes revelados o propuestos por la secta o por la Iglesia, pero tampoco los rechaza: simplemente se inhibe o suspende su juicio creyendo saber, además, que esta supensión del juicio sobre «asuntos que tienen que ver con la religión» no afectan para nada a las decisiones sobre juicios prácticos de su vida privada y, sobre todo, pública.
El término agnosticismo fue acuñado por T.H. Huxley, el «Bulldog de Darwin», hacia 1869, por oposición al término gnosticismo, es decir, por tanto, en función de este término (que se refería, por tanto, ante todo, a un saber, o pretendido saber). Pero tal función de oposición no es la única: tendremos también que considerar, aunque Huxley no lo hizo, el concepto de «antignosticismo», porque si prescindimos de esta referencia indispensable, las coordenadas del propio concepto de «agnosticismo» se desdibujarán y se tergiversarán sin remedio. Por consiguiente, parece obligado determinar el concepto mismo de «gnosticismo» por respecto del cual se define, tanto el «agnosticismo» (ya por quien acuñó el término, Huxley) como el «antignosticismo».